Тут такое дело. "Историческая фонология украинского языка"(автор Шерех/Шевельов существует.
Белорусского языка - тоже существует.

А вот с русским проблема. На примере чего, собственно изучать? Литературного русского? Так его во времена Пушкина понимали едва ли 5-10% "великороссов". Даль в конце 19 века чесал затылок , ни шиша не понимал о чем и на каком говорят крестьяне уже за 100 верст от Москвы. В свою очередь они и его не понимали. По сути в России было две языкове культуры , одна искусственная, книжная (на болгаро-украино-татарском суржике - "русский язык"), вторая - диалектная. Никем толком не изученная, никем не нормированая. На 1920 г. было охвачено 15-20% населения (треть - евреи) второй 80-85%. Ситуация кардинальным образом переломил "ликбез" и форсированная урбанизация. 100 млн. россиян переселились в города. Короче современным россиянам для общения с прадедами потребовался бы переводчик.

А теперь к вашему вопросу. Финно-угорские фонемы есть, потому что их не может не быть - народ ведь генетически тот же. Например "аканье" явно от балтов (Мaskvas/Масква) .Неразборчивость "пруд/прут", "гриб/грипп" - от финнов.

Об этом еще Ключевский писал:

"Восточные инородцы, русея, вообще переиначивали усвояемый язык, портили его фонетику, переполняя её твёрдыми гласными и неблагозвучными сочетаниями гласных с согласными. Обруселая Чудь не обогатила русского лексикона.
Но, не пестря лексики, чудская примесь портила говор, внося в него чуждые звуки и звуковые сочетания. Древнерусский говор в наибольшей чистоте сохранился в наречии новгородском; в говоре владимирском мы видим первый момент порчи русского языка под финским влиянием, а говор московский представляет дальнейший момент этой порчи..."

http://www.mubiu.ru/ogd/ISTORIA/6/Liter/Kluch.htm

Что же касется редукции и причинах ухода от письменного языка, то это очень подробно здесь:
http://ukrlife.org/main/prosvita/rzbogom.htm